尽管肠道微生物组科学正逐步从实验室走向临床，但该领域的很多研究都着眼于对肠道微生物群落的组成和功能进行分类，确定微生物与疾病之间的相关性，并使用动物模型来理解宿主表型中微生物组的因果关系。在这方面,关键的发展包括宿主-微生物共生是如何在生命早期建立的;饮食和烹饪影响健康的肠道微生物调节机制;以及宏基因组挖掘工作，将肠道微生物组分析整合到临床中，以精确预防疾病、诊断和应对治疗．
目前，人们正在努力提供关于肠道微生物组的功能参与及其作用机制的见解，特别关注将肠道微生物组数据整合到临床环境中，以便在开发基于肠道微生物的治疗方法方面取得进展。2019年特别关注的焦点是推进益生菌和益生元的转化研究，主要用于肠道相关疾病，但也用于全身适应症，包括缓解代谢综合征和调节健康成年人对社会压力的反应的脑功能。
2019年本领域的里程碑与探索肠道微生物组的最前沿研究中的GMFH数字社区的兴趣增加，以防止或改善目前医学无法治愈的广泛条件。结果，GMFH数字社区已达到80,000名成员多于访问1,160,000次访问在2019年。
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