许多研究报告了炎症性肠病患者肠道微生物组成的变化，包括溃疡性结肠炎，与健康的个体相比。虽然显然提出了关于肠道微生物在IBD发病机制中发挥的关键作用的问题，但我们尚未确定致病微生物及其机制。
科学家们努力阐明宿主和肠道微生物组合如何相互作用，以塑造IBD的遗传易感性。在633名IBD患者中，哈里索科尔及其同事们发现了与IBD风险更高的遗传变异和某些肠道细菌分类群相关的遗传变异之间的关联。
研究人员在405个儿科中调查了肠道微生物组在疾病严重程度，进展和治疗反应中的作用。
由达拉斯德克萨斯大学西南医学中心（德克萨斯，美国）的Lora Hooper博士领导的一项新研究发现，在小鼠结肠炎期间，肠道噬菌体群落的组成变化。
发现肠道中诱导的调节性T（Treg）细胞的新研究对于通过转录因子C-Maf来对肠道耐受性的免疫耐受性至关重要。
最近由Thomas Borody教授从悉尼（澳大利亚）中的消化系统中心领导的随机安慰剂对照试验已发现粪便微生物群移植诱导活性溃疡性结肠炎患者的临床缓解和内窥镜改善。
