物种内部和物种之间的微生物组的组成和功能差异的来源还有待充分了解。虽然遗传背景和饮食遗传与环境因素在驱动密切相关灵长类动物肠道微生物组变异方面的作用尚不清楚。
一个新的研究通过Andres博士戈麦斯,从明尼苏达大学(美国),和他的同事们探索影响9种不同灵长类动物和4种暴露于不同生存模式下的人类肠道微生物组成的因素．
研究人员分析了类人猿的粪便样本，包括非洲类人猿、旧大陆猴和新大陆猴人类人口由狩猎采集者和传统农学家组成．来自人类微生物组项目的美国参与者的数据也包括在内。
所有分析的灵长类动物粪便样本的肠道菌群组成都不同．地理上的起源和生存策略导致了特定的肠道微生物群分布在遗传距离较远的灵长类动物之间。
具体地说,非洲猴子亚科的一种Cercopithecinae包括白眉、狒狒和长尾猴那些以觅食为生的灵长类动物，其肠道微生物群与依赖非工业饮食模式的人类类群相似，尽管它们与灵长类动物的亲缘关系相距甚远．作者假设，人类狩猎采集者、农业学家和东半球猴子的肠道微生物群之间的相似性，是由于他们共享一种饮食，这种饮食显示了由多种微生物群基质组成的高度多样性的营养物质，而不是依赖于单一种类的食物。
生活在中非共和国的西方研究人员向传统农学家的生活方式转变，他们的肠道微生物群趋势也与传统农学家和狩猎采集者的肠道微生物群趋势相似，而这又与美国的人类有所不同。
戈麦斯和他的同事们还在非洲猴子、狩猎采集和农业人口中发现了三种常见的肠道微生物群特征。属于1组的细菌类群普氏菌，Coprococcus，梭状芽胞杆菌，Faecalibacterium，毛螺菌属和未分类的成员，导致肠道微生物群的多样性达到最高水平。随后，另外两组紧随其后。
猴子和人类的肠道微生物多样性水平最高，他们使用混合可发酵纤维的传统生活方式。相比之下，灵长类动物，如大猩猩，其饮食中复杂纤维含量最高，肠道微生物群落多样性水平较低。这些结果表明，避免长期以来一直存在的过于简单的联想的重要性报道在微生物学领域，如“丰富的肠型普氏菌-膳食纤维、蔬菜和水果”及“肠型丰富拟杆菌门-蛋白质和动物脂肪”。
总的来说，这些发现表明，人类肠道菌群在属水平上具有高度的可塑性。相反以前的思想，这些发现突出表明，与宿主物种系统发育相比，环境因素是肠道微生物组组成的主要驱动因素。
这些发现表明，在形成肠道微生物群落方面，饮食可能比系统发育进化更重要。研究人员称:“这些数据支持一个生态模型，而不是灵长类动物肠道微生物群的进化趋同。”
参考:
等。人类肠道微生物群的可塑性挑战了进化的限制．mSphere4: 2019。doi: 10.1128 / mSphere .00271-19。
