食用酸奶和降低负面健康风险之间的潜在联系机制尚未得到广泛研究。现在，一项横断面研究表明，维持正常的肠道屏障功能是一种新的机制，支持喝酸奶的好处。
在心血管风险高的患者中，已经发现产生丁酸盐的肠道细菌水平下降。在小鼠中，细菌丁酸盐可以通过提高紧密连接基因的上调而增加肠道屏障功能来预防动脉粥样硬化。
没有能力产生成熟B和T淋巴细胞的小鼠表现出肠道通透性增加。
高脂肪和高糖的西方饮食、有压力和久坐症的现代生活方式、滥用抗生素和其他常用处方药物(如非甾体抗炎药和质子泵抑制剂)是微生物群组成变化和肠道屏障破坏的主要驱动因素。(Maria Rescigno博士博士)
微生物群对免疫和代谢的影响已经有了很好的描述，但对微生物如何影响肠道屏障的整体结构和功能的基本认识还没有很好地理解。
