许多研究报告了炎症性肠病(包括溃疡性结肠炎)患者与健康人相比肠道微生物组组成的变化。虽然这显然提出了关于肠道微生物在IBD发病机制中扮演的关键角色的问题，但我们还没有查明致病微生物及其机制。
科学家们努力阐明宿主和肠道微生物如何相互作用，从而形成IBD的遗传易感性。在633名IBD患者中，Harry Sokol和他的同事发现了与IBD高风险相关的遗传变异与某些肠道细菌类群耗损之间的联系。
研究人员调查了405名儿童的肠道微生物组在疾病严重程度、进展和治疗反应中的作用。
最近，西班牙巴塞罗那瓦尔德希布伦研究所生理学和消化生理病理学组的Chaysavanh Manichanh博士领导的一项研究首次确定了一组8种细菌，它们可以独立于地理区域区分CD和非CD。
