纤维是许多人饮食中被忽视的重要营养素。虽然有些纤维不能被人类消化，但它可以被我们肠道中的微生物分解——肠道微生物群。和纤维一样，益生元也是肠道中有益微生物的食物，目前有很多益生元实际上被认为是一种可溶性膳食纤维纤维和益生元之间的相似性常常导致如何区分这两者的混淆。幸运的是，这Infographic.从国际益生菌和益生元科学协会(ISAPP)提供了益生元和纤维之间的有益比较，同时描述了每种影响健康和肠道微生物群的程度。
大多数纤维是从植物中提取的不可消化的碳水化合物。例如，苹果、黑豆和西兰花都是极佳的纤维来源。除了促进正常的肠道运动，充足的纤维消耗可以提高血脂和葡萄糖的水平，同时让我们更长时间地保持饱腹感。一些纤维甚至对我们的肠道微生物群有较低或中等的影响。
益生元也容易存在于蔬菜和全谷物等食物中，并且与许多健康益处相关。已经证明益生元促进肠道健康，可以调节免疫系统，调节肠道运动，可能对肠易肠综合征等疾病有益。一些效果是介导的短链脂肪酸．与纤维相比，益生元对健康和肠道菌群有更强大的影响。一个新的最近修订的定义益生元这一术语强调了益生元物质通过靶向结肠外的微生物也可能对肠道以外的区域产生有益影响。
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