一种生活在许多人肠道内的无害细菌。在肠道的微生物群落中，“好”细菌(有益的)和潜在的有害细菌(致病的)之间存在一种平衡。当失衡发生时，问题就开始了，通常是由于抗生素治疗。如果数量梭状芽孢杆菌大量增加，各种症状会出现，从腹泻到结肠炎症。

梭状芽孢杆菌感染通常影响最近接受抗生素治疗或在医院或长期护理设施的患者。粪便微生物群移植(FMT)正被研究作为一种可能的治疗复发梭状芽孢杆菌感染。有些益生菌可以预防梭状芽孢杆菌在接受抗生素治疗的住院成年患者中。