许多研究报告了炎症性肠病患者肠道微生物组成的变化，包括溃疡性结肠炎，与健康的个体相比。虽然显然提出了关于肠道微生物在IBD发病机制中发挥的关键作用的问题，但我们尚未确定致病微生物及其机制。
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营养不良仍然仍然是某些地方儿童死亡的主要原因。由Tahmeed Ahmed和Jeffrey I. Gordon领导的团队已经找到了一个新的驱动器，用于衰退：居住在小肠内的细菌。
酮饮食的治疗益处可以与肠道微生物群的变化有关吗？小鼠和17名超重或肥胖的男性的新工作揭示了酮体施加双歧杆菌和肠道炎症Th17细胞的抑制。
发酵食品是乳酸菌的已知来源。一项对食物和人类宏基因组的高通量测序分析证明，发酵食品是肠道微生物群中乳酸菌的一个来源，其丰度受年龄和生活方式的影响。
细菌殖民化在子宫中是否仍然是科学辩论的问题。从终止妊娠中收集的胎儿肠含量的研究显示出与不同免疫印迹相关的早期细菌定植的一些证据。
最近的一项研究来自加州大学 - 洛杉矶（UCLA）的研究人员提供了进一步的证据表明，肠道微生物群组成和情绪和行为反应之间存在相关性。
目前正在进行的辩论是肠道殖民化在怀孕期间或出生时开始。在这里，JoëlDoré涵盖了宿主微生物共生在早期生命中的建立以及对新生儿的后期健康结果的影响。
发表在《自然通讯》(Nature Communications)杂志上的一项新研究确定，婴儿体内的耐抗生素细菌可能来自母亲，不仅是通过分娩，也通过母乳喂养。
关于早产儿肠道菌群的作用的研究结果不一致。一项新的病例对照研究显示，与健康对照组相比，坏死性小肠结肠炎患儿中未与IgA结合的肠杆菌科细菌数量增加，这可能导致疾病发病。
肠道微生物群可能解释为什么我们所有人都能有效地应对药物治疗。体外试验表明，超过65％的药物由来自人肠道的76个细菌菌株代谢。
