人类肠道(Metahit)项目的偏心神经,由此支持欧洲议会在7TH.框架计划,和人类微生物组项目(HMP),由此支持国立卫生研究院(NIH)是迄今为止最大的研究,这些研究表征了使用16S和霰弹枪偏心测序的不同身体部位的健康人受试者的微生物体。

一个新的学习, 由...领着柯蒂斯博士博士从生物统计学部门Harvard T. H. Chan Chan公共卫生学院广泛的研究所在马萨诸塞州(美国),提供了人类微生物组的更新的身体覆盖了

基于先前在HMP的第一波中收集的生物转录,研究人员分析,使用全梅蛋白酶测序和更新的分析和组装方法,来自的1,631个新的样品HMP Cohort.(总共2,355)。6个主要的身体部位是靶向溃疡,口腔粘膜,定性斑块,舌窝,粪便,粪便和后穹窿 - 在265名中的3个时间点。

一个新的Metagenomics应变识别方法- 在梅塔群中鉴定了每种足够丰富的种类的主要菌株 -揭示了几种物种的时间稳定亚种群组织结构,随着时间的推移,差异低于人与人之间的差异。随着时间的推移报告的时变组分在人肠道微生物组中的差异与先前的HMP数据一致。具体地,一些物种对个体是独一无二的,其他物种与特定的身体部位有关。除此之外,应变鉴定还具有在分离基因组中表示的应变多样性的物种。

通过新的分类分析分析,还鉴定了细菌群落和几种古痤疮,真核和病毒之间的共同发生模式。这些结果描绘了人类微生物组合中的非共生微生物的更全面的图像,因此提高了肠道微生物群研究的更好表征。

通过新功能性分析方法将人体微生物定植所需的途径被鉴定并分为普遍,富含人体富集的富集子集。总的来说,在研究的所有6个身体部位,28个代谢途径是核心。除此之外,在多个体积中,17个另外的途径是核心,而21例途径与其他体积相比,口腔体区域的途径相当丰富。例如,在口腔中富含硝酸盐还原,甘露甘露甘露甘露植物的降解植物多糖 - 富含肠道。这些数据表明微生物群落适应特定的人体部位,以及广泛分布在人体中的基本代谢过程。

微生物组合物及其功能变异以时间为特征。伯啉肠道中的种类主要是间间的变异,而责任物种在个人内最差异。根据这些结果,作者认为这是Bacteroidetes / Formalutes.比率不应再使用作为个体肠道微生物组的定义属性。口腔和皮肤微生物体中的物种丰度表现出更大的时变动力学,这使得它们可靠地可靠地区分一个人从另一个人区分一个人。总而言之,这些数据表明,非生种微生物物种在身体部位之间显示出不同的动态,受到内部和间间可变性的影响。

总之,该研究在多个身体部位中的微生物统一稳定性和动力学中脱落。它为其他微生物组科学家提供了大量数据资源,用于其即将到来的研究。考虑更多的时间点并评估受控扰动而不是使用描述方法的影响,需要进一步的后续研究。

参考:

Lloyd-Price J,Mahurkar A,Rahnavard G等人。扩大人类微生物梭菌项目中的菌株,功能和动态自然。2017. DOI:10.1038 / Nature23889。