最近的一次审查，由助理教授出版Suzanne Devkota.在Cedars-西奈医疗中心在洛杉矶(美国)，已经阐明了在微生物组研究中控制外部因素的重要性，关注可能产生混淆效果的药物．
最近的研究突出了肠道微生物组在药理学和精密药物中的作用。虽然肠道微生物群和几种人类疾病之间的关系是众所周知的，但是治疗的作用- - - - - -包括药物治疗和生活方式干预- - - - - -这可能会混淆报道的肠道成分，但这在很大程度上仍未得到充分研究．一个研究从Forslundet al。是第一个探讨二甲双胍治疗分层是否影响2型糖尿病的微生物特征(T2D)是否仍然明显的抗糖尿病药物。肠道微生物群部分介导二甲双胍的治疗和不良反应;事实上，未经治疗的T2D患者显示出有益的丁酸盐生产细菌的减少，而二甲双胍治疗逆转了这种情况。研究人员得出结论，在T2D患者中，有必要从二甲双胍的肠道菌群特征中分离出疾病。因此,药物 - 宿主微生物A相互作用可以有助于药物治疗的治疗和副作用．由于药物治疗可能是一个潜在的混淆因素，“在寻找疾病的肠道微生物特征时，应该对患者群体进行药物治疗。”，说过Devkota博士。研究人员建议在执行前瞻性研究时识别这种混杂因素并在开始时在开始时排除它们。然而，限制是，难以发现没有经过治疗的足够患者，并且不包括用于研究药物 - 微生物组相互作用的药物以服用药物的伦理。
除了药物对微生物群落结构和功能的影响外，肠道微生物还可以通过药物或其代谢物的生物转化途径影响药物治疗。因此，需要进一步研究药物与微生物的相互作用及其机制。
总而言之，微生物组研究应考虑药物治疗效果，因为它们可能是一个潜在的混淆。由于处方药对人体肠道微生物组产生影响，治疗的效果应该与治疗的效果分开人类相关微生物群的特定疾病．
引用:
Devkota年代。微生物组。处方药掩盖了微生物组分析．科学．2016;351（6272）：452-3。
Forslund K，Hildebrand F，Nielsen T，Falony G，Le Chatelier E，Sunagawa S等人。解开2型糖尿病和二甲双胍在人类肠道菌群中的治疗特征．自然．2015;528(7581): 262 - 6。
