根据2014年国际益生菌和益生元素（ISAPP）专家共识文件关于益生菌的定义，一些机制似乎在不同的菌株中是罕见的，但其他机制在相同物种的菌株中普遍存在。
一项新的研究发现，肠道微生物群对高盐饮食敏感，这可能部分参与与高血压和自身免疫疾病相关的免疫功能障碍。
当英国研究员Glenn R.Gibson于1995年向科学界推出了益生元的概念，对他来说，肠道微生物群有可能在健康中发挥重要作用。
最近的一项研究发现，乳酸杆菌CNCM I-4034，双歧杆菌Brive CNCM I-4035和乳杆菌菌菌和乳杆菌CNCM I-4036的施用可以在肥胖大鼠中下调肠道炎症基因。
来自法国卫生和医学研究所（Inserm）和Université（法国南特）的Michel Neunlist博士领导的新研究已发现益生菌L.Fermentum可以预防和/或治疗与之相关的胃肠道病症新生大鼠肠上皮功能障碍。
2016年审查，由Mark S. Reddle博士从银色春季（美国）海军研究中心的肠道疾病部门领导，来自威尔康奈尔医学院和纽约中心医学院的布拉德利A. Connor。for Travel and Tropical Medicine in New York (USA) explores the role of the human gut microbiome in travellers’ health.
一项新的研究发现，益生菌双歧杆菌Loncum NCC3001可以减少抑郁症分数并提高IBS患者的生活质量。
最近的一项研究探讨了运输时间可能影响肠道微生物群组成和代谢的程度，使用多隔间的体外连续培养系统模拟结肠的近端，横向和远端部分的生理条件。
