体内微生物群落平衡的改变，特别是肠道内的微生物群落平衡的改变，已经与各种肠道和肠道外疾病有关。虽然大多数情况的因果关系尚未确定，但因果关系微生物群和疾病状态之间的关系幽门螺杆菌-相关的消化性溃疡和胃癌梭氧化钛艰难梭罗infection-associated腹泻。
微生物学最常研究的治疗应用之一是粪便微生物移植(FMT)治疗复发梭状芽孢杆菌感染,首次报道1958年．FMT的治疗益处可以解释为增加了细菌、病毒、真菌和古菌的多样性，这些细菌可以移植到受体宿主体内，并帮助改善肠道微生物群的功能多样性。此外，FMT正在进行测试近300次临床试验对于广泛的疾病适应症，包括炎症性肠疾病，肠易激综合征，急性胰腺炎，移植物与宿主病，自身免疫性疾病（例如，多发性硬化症），癌症，甚至精神病条件（例如，癫痫和帕金森病）。
虽然FMT已被证明是有效和安全的梭状芽孢杆菌感染，与肠道微生物群变化相关的疾病相关的安全担忧已经汇报过．例如，根据目前的Covid-19大流行，建议筛选严重急性呼吸综合征冠状病毒2的供体。
除非未定义的粪便微生物群移植，用于形状宿主微生物的靶标制剂（定义的微生物组成）是克服再现性和可扩展性问题的替代方案。最常学习的配方是益生菌，最近可以在其他地方找到他们的临床效益的更新（例如，UsprobioticGuide.com.和probioticchart.ca.）。
除了传统的益生菌外，还在具有定义临床福利索赔（也称为活生物治疗产品或下一代益生菌）的治疗剂开发的活微生物进行调查。下一代益生菌特别地包括与迄今为止的促进促进剂的使用历史，包括遗传修饰的微生物，并且更可能遵循药物监管框架的微生物。虽然第一个专注于微生物分类物的下一代益生菌，但最近的益生菌是重点关注给药微生物的功能属性。
益生菌术语意味着微生物在摄入时应该活着。然而，科学家们已经转向微生物产生的化合物，从食物组分或微生物成分中释放，包括非活细胞 - 也称为postbiotics(以及较不常见的副益生菌、副精神益生菌和幽灵益生菌)——当剂量足够时，有促进健康和福祉的潜力。的情况下heat-inactivatedakkermansia muciniphila.例如，减轻超重和肥胖受试者的代谢综合征特征，是在生物后的范围内。
调节肠道微生物群的其他策略包括饮食、益生元和上述的后益生元。与药物治疗一起，饮食是影响肠道微生物组成和功能多样性最大的因素，微生物变化明显在24小时内，以及从长远来看。当涉及到益生元，它们可以被宿主微生物群的成员和/或共同管理的活微生物利用。肠道细菌对不同类型纤维的反应也很灵活被研究作为未来几年发展个性化饮食以适应肠道微生物群的一种方法。
还应承认并非所有疾病都表现出相同程度的肠道微生物群变化，并且又可能影响所选策略调节肠道微生物组的效果。尽管梭状芽孢杆菌感染是具有深刻的肠道微生物群的疾病的一个例子，其他人只表现出肠道微生物的微妙变化。这使得很难发展个性化预测饮食反应，诊断基于肠道微生物组的治疗剂。而且，多种因素会影响旨在调节肠道微生物的程序的疗效，包括肠道微生物A调节，制备方案和同时膳食摄入的方法。该领域的另一个警告是目前缺乏构成健康肠道微生物的定义。
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